يقوم قسم المشاريع باستقطاب افكار المشاريع الريادية وتطويرها من خلال عمل مقترحات مشاريع تخدم الاهداف الوطنية والاستراتيجية للحديقة بالتعاون مع المختصشين من الحديقة و من المؤسسات الرسمية وغير الرسمية، كما يقوم القسم بتعزيز الشركات مع المؤسسات المحلية والدولية الداعمة لتوفير
الدعم اللازم لتنفيذ هذه المشاريع. يلعب القسم دورا بارزا بادارة المشاريع واعداد الخطط اللازمة لتنفيذ المشاريع والاشراف على تنفيذها بالتنسيق مع المديريات المختصة بالتنفيذ، كما ويقوم القسم بتوثيق وجمع البيانات والدراسات والتقارير لدعم قاعدة البيانات الخاصة بالمشاريع التي تقوم الحديقة بتنفيذها.
2.1 : المشاريع الحالية
يقوم القسم بالاشراف وتنفيذ عدد من المشاريع وهي كالتالي:
- 1- مشروع الأنظمة البيئية السليمة لتنمية المراعي.
- 2- مشروع دعم جمع وتوثيق العائلات والأجناس النباتية المحلية الفريدة غير الموجودة في البنوك الحيوية في الأردن.